Когда началась Великая Отечественная война, в районе развернулось строительство оборонительных сооружений (2-я линия обороны города Брянска), на строительстве которых были заняты более 3-х тысяч колхозников. За успешное руководство строительством оборонительных сооружений командующий Брянским фронтом Ерёменко А.И. 3 сентября 1941 года объявил благодарность первому секретарю Выгоничского райкома партии Ю.А. Фильковскому.

5 октября 1941 года враг ступил на нашу родную землю - началась оккупация. Наступило грозное, страшное время: были замучены 66, повешены 32, расстреляны 454 жителя района, угнаны в Германию 2388 человек, в том числе 130 детей. Материальный ущерб району составил более 400 миллионов рублей.

В период с 1941-1942 годы были созданы партизанские отряды: им. Лазо, им. Баумана, им. 26-ти Бакинских комиссаров, им. Щорса, им. Будённого, которые впоследствии были объединены в бригаду им. Щорса.

В 1941-1942 годах на территории района действовал партизанский отряд "Летучка" под командованием Филиппа Евдокимовича Стрельца. Погиб Ф.Е. Стрелец в одном из боёв на станции Полужье.

1 сентября 1942 г. Ф.Е. Стрелец посмертно был удостоен звания Героя Советского Союза.

8 марта 1943 года - совершена одна из крупнейших в истории партизанского движения - операция брянских партизан по взрыву Голубого моста через реку Десну у посёлка Выгоничи.

18 сентября 1943 года 11-я армия под командованием И.И. Федюнинского и при поддержке партизан освободили Выгоничи.

В январе 1944 года в центре посёлка Выгоничи был установлен памятник односельчанам, погибшим во время оккупации.

Война и фашистская оккупация разрушили хозяйство района. Полностью были уничтожены предприятия, МТС, взорвана железнодорожная станция, сожжена школа, разрушено почти всё. Сельхозинвентарь уничтожен, посевные площади сократились на 70 процентов, в хозяйствах осталось всего 60 лошадей.

Председатель Государственного комитета обороны Маршал Советского Союза И.В. Сталин направил в Выгоничи следующее письмо: "Секретарю Выгоничского райкома партии товарищу И.С. Мажукину. Председателю райисполкома товарищу Н.Д. Тарасову.

Передайте трудящимся Выгоничского района, собравшим 20 тысяч рублей на строительство танковой колонны "Выгоничский партизан", мой братский привет и благодарность Красной Армии.

И.В. Сталин"

Сразу после освобождения района началось восстановление разрушенного хозяйства.